円形脱毛症の原因については、結局のところ「ハッキリわかっていない」という結論に辿り着きます。よく「ストレスだ」とか「自己免疫疾患だ」とか色々言われているようですが、それらの文献をよくよく読んでいくと結局そこに行き当たります。
現在、最も有力な説とされているのが自己免疫疾患といわれるもので、自分で自分の身体の組織を攻撃してしまう病気です。これは、体内の免疫システムが機能不良を起こすことによって起こるとされています。
正常な免疫システムであれば自分とそれ以外のものを区別し、異物に対してなんらかの反応をします。それら異物は抗原と呼ばれ、細菌、ウイルス、その他の微生物、癌（がん）細胞などは、その細胞の中や表面に抗原をもっているのです。花粉や食物の分子は、それ自体に抗原性をもっています。
しかし、機能不全を起こした免疫システムは、自分自身の組織を異物と取り違えてしまい、自己抗体と呼ばれる異常な抗体や免疫細胞をつくりだし、体内の特定の細胞や組織を標的にして攻撃してしまいます。
