円形脱毛症の原因は完全には解明されていません。しかしよく言われる原因としては、「ストレス」「内分泌異常」「自己免疫疾患」などではないかとされています。
中でも、これらのことが複合的に重なって原因となる場合もあるようです。
また別に、円形脱毛症の原因の一つには「遺伝的素因」もあると考えられています。円形脱毛症の発症率が、家族内では約30％程度あることから、遺伝的素因も円形脱毛症の原因にあるのではないかとされています。
興味深い症例報告として、一卵性双生児においては、両者ともに発症する率が高いのに対し、二卵性双生児では、片方のみの発症がみられるという報告もあります。
また、脱毛症の患者には、共通するHLA（ヒト白血球型抗原）の型が存在しています。このことから、遺伝的素因は確実に円形脱毛症の原因の一つであるとされています。
